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一、为进一步规范对外商投资企业和外国企业（以下简称涉外企业）税务审计，提高税收征管效率，减轻纳税人负担，优化涉外企业税收管理环境，根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则，特制定本办法。
二、联合税务审计的类型，分为以下两种情况：
（一）对跨区域经营并实行汇总（合并）缴纳企业所得税的涉外企业，各主管税务机关同期开展的税务审计（以下称为跨区域联合税务审计）
（二）对在同一地区经营的涉外企业，负责税收征管的国税局和地税局联合开展的税务审计（以下称为国地税联合税务审计）。
三、跨区域联合税务审计的组织形式
跨区域联合税务审计由主管企业所得税的税务机关组织实施，主要适用于企业所得税的审计，但在实施审计时也应对本税务机关其他主管税种一并进行审计。
组织实施跨区域联合税务审计的税务机关没有下达跨区域联合税务审计任务通知书的，各地下级主管税务机关不得自行安排税务审计。组织实施跨区域联合税务审计的税务机关为：
（一）对跨省（含自治区、直辖市和计划单列市）经营的涉外企业的税务审计，由国家税务总局组织实施。
（二）对跨地（市）经营的涉外企业的税务审计，由省级（含计划单列市）税务局组织实施。
（三）对跨县（市）经营的涉外企业的税务审计，由地（市）级税务局组织实施。
跨区域联合税务审计时，凡遇有涉及非本税务机关主管税种问题的，应告知其主管税务机关，并在必要时联合进行相关税务审计。
四、国地税联合税务审计的组织形式
（一）对企业所得税和其主体业务适用的流转税均由同一税务局主管的涉外企业，由该主管税务局提出税务审计计划并告知企业其他适用税种的主管税务局后，组织相关主管税务局联合开展税务审计。
（二）对企业所得税和其主体业务适用的流转税由国税局、地税局分别主管的涉外企业，由主管国税局和地税局共同提出税务审计计划，联合组织实施税务审计。
五、实施跨区域联合税务审计的，负责组织实施的税务机关可以采取以下两种方式：一是抽调各有关主管税务机关人力，统筹安排税务审计；二是规定联合税务审计时限，由各主管税务机关在规定的时限内开展税务审计。
审计结束后，由涉外企业汇总缴纳税款所在地主管税务机关负责汇总编制税务审计有关文书，送达该涉外企业，办理税款退补、滞纳金和罚款入库事宜。
六、国地税实施联合税务审计的，国税局、地税局主管税务机关分别抽调人力，同时进入审计现场，分别负责相关事项的税务审计。
审计过程中，涉外企业的主管国税局和地税局，应加强沟通，共同研究审计结论和审计报告，凡涉及相同的涉税指标，口径和数据应该保持一致。
审计结束后，涉外企业主管国税局和地税局分别编制税务审计有关文书，送达企业，办理税款退补、滞纳金和罚款入库事宜。
七、开展联合税务审计时，均应按照《涉外税务审计规程》的要求编制税务文书，并选用适当的审计方法和技术；凡涉及相同的税务审计文书，应该一式多份，确保成果共享。
八、对同一涉外企业的联合税务审计，一个纳税年度内不得超过一次。
九、本办法不适用税务机关对涉税案件的稽查。
十、本办法由国家税务总局负责解释。
十一、本办法自颁布之日起施行。
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