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自2007年3月起，省局数据集中模式的增值税专用发票（以下简称专用发票）稽核系统（6.0版）投入了试运行，目前运行情况平稳。为进一步加强专用发票稽核工作管理，提高稽核比对效率，税务总局决定自2007年8月起，专用发票稽核系统（6.0版）正式投入运行，现将有关问题通知如下：
一、稽核系统（6.0版）及相关软件升级工作
各地应于8月5日前完成相关软件升级工作，升级内容包括：稽核系统（6.0版）、省级协查系统（2.0版）、成品油系统和稽核结果导出工具（单机版）。由于本次升级过程复杂，税务总局将安排开发商技术人员远程实现，请各地安排专人协助本次升级任务。各地应在完成2007年7月稽核结果数据导出工作后，自总局技术支持网站（130.9.1.248）下载稽核结果导出工具（单机版）和省级协查系统（2.0版）客户端升级包，自行完成升级工作。升级期间，各地不能在稽核系统（6.0版）中进行业务操作。稽核系统（6.0版）正式运行后，相关技术支持工作纳入税务总局呼叫中心。
稽核系统（6.0版）具有稽核结果明细查询导出功能，以满足相关税收管理的需要。系统保留红字发票采集功能，但红字发票存根联、抵扣联不再参与稽核比对。
自2007年8月起，只使用稽核系统（6.0版）产生的稽核结果，原专用发票稽核系统（5.4版）继续并行一个月。各地采集的专用发票数据，两个系统同时进行处理。系统升级后，地市级协查系统（2.0版）停止从稽核系统提取数据。自2007年9月起 ，5.4版系统将停止使用。
二、相关部门工作职责
（一）省局流转税管理部门应配备专岗，每月14日（遇法定节假日比照征管法有关规定顺延，下同）通过人工操作统计并上报《增值税专用发票抵扣联（本级）比对情况统计表》和《增值税专用发票存根联（本级）比对情况统计表》；每月16日通过人工操作统计《增值税专用发票抵扣联（汇总）比对情况统计表》和《增值税专用发票存根联（汇总）比对情况统计表》。
（二）省局信息中心应配备专岗，负责监控稽核系统运行进程以及省局与总局之间数据传输情况，确保系统的正常运行。
（三）省局及省局以下税务机关增值税管理部门应及时检查专用发票存根联数据、抵扣联数据、失控发票数据以及增值税一般纳税人档案数据采集情况，发现漏采等问题应采取措施及时解决。
三、6.0版系统数据处理流程
（一）省局稽核系统每日自动完成下列工作：
1. 从同级增值税防伪税控系统提取专用发票存根联、抵扣联数据、增值税一般纳税人档案数据和失控发票数据；
2. 对存根联、抵扣联数据进行清分；
3. 向税务总局上传异地存根联发票数据、异地抵扣联发票数据、一般纳税人档案信息和失控发票数据；
4. 对购销双方均为本地的专用发票进行比对。
（二）每月14日省局税务机关统计并上报《增值税专用发票抵扣联（本级）比对情况统计表》和《增值税专用发票存根联（本级）比对情况统计表》。
（三）省局稽核系统每日自动接收税务总局下发的相符发票、不符发票、缺联发票、属于作废发票和重号发票等稽核结果数据。
（四）每月16日省局税务机关统计《增值税专用发票抵扣联（汇总）比对情况统计表》和《增值税专用发票存根联（汇总）比对情况统计表》。
（五）税务总局稽核系统每日自动对各省上传的数据进行提取和比对。
（六）每月15日税务总局稽核系统自动统计《全国增值税专用发票抵扣联（汇总）比对情况统计表》和《全国增值税专用发票存根联（汇总）比对情况统计表》。
四、有关要求
（一）系统运行后，税务总局将只保留“存根联采集率”和“抵扣联重号率”两项考核指标，请各地按月下载相关考核指标统计表，下载地址：ftp://130.9.1.1/local/流转税司/税控稽核处。各级税务机关要采取措施加强数据采集管理，强化责任制，避免数据漏采、漏传、重传等问题的发生。
（二）失控发票是指防伪税控企业丢失被盗金税卡中未开具的专用发票以及被列为非正常户的防伪税控企业未向税务机关申报或未按规定缴纳税款的专用发票。各地要严格按照《国家税务总局关于建立增值税失控发票快速反应机制的通知》（国税发[2004]123号）规定的失控发票采集范围、处理流程等有关规定执行。
（三）稽核系统（6.0版）具有省内抵扣联滞留票、缺联票按销售方查询、导出明细数据功能，跨省数据暂仍采用ftp方式下发，下载地址：ftp://130.9.1.1/local/流转税司/税控稽核处。各地要及时补采存根联数据。
（四）为保障全国稽核比对工作的正常运行和稽核结果统计报表口径的一致性，各地要严格按照征管法实施细则有关纳税申报期限的规定，在防伪税控系统中对报税锁死期参数进行统一设置。
《国家税务总局关于修订印发〈增值税计算机稽核系统发票比对操作规程（试行）〉的通知》（国税发[2004]43号）同时废止。
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