税务机关在日常的税务稽查中，经常查出纳税人在纳税申报环节中的许多错误，如《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条中就明确规定购进固定资产的进项税额不得从销项税额中抵扣，但一些纳税人却申报进行抵扣了。对这种情况，税务机关在稽查中当然不予抵扣，并按实际情况进行补税并加收滞纳金。但纳税人却有意见了，他们认为，当初他们进行纳税申报时，税务征收部门加盖已抵扣税款章准予抵扣，现在，税务稽查部门却提出不予抵扣，由于税务机关不同部门间认识不同造成其少缴税款，税务机关也应负有一定的责任。因此，对补征税款他们表示能够接受，但认为加收滞纳金很不妥。因为，如果税务征收部门在他们进行纳税申报时就指出他们的问题，并不予抵扣，那就不存在这样的问题了。税务机关未及时指出，就是税务机关的责任。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十一条规定，因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴、义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。

     以上的话题引出了这样一个问题：纳税人申报有误，受理申报的税务机关未发现，事后检查出问题的，责任该由谁负呢?根据《中华人民共和国税收征收管理法》第十六条的规定，纳税人必须在法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限内办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第二十六条也规定，纳税人办理纳税申报时，应当如实填写纳税申报表。可见纳税申报是法律所规定的纳税人应履行的一项基本义务，也就是说，纳税申报是纳税人自己的事，是法律所规定的，纳税人必须按规定进行纳税申报的责任由纳税人自己负责。

    在增值税纳税申报表中，有一栏申报人声明：此纳税申报表是根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的有关规定填报的，我确信它是真实的、可靠的、完整的。可见，当纳税人在填写纳税申报表时，申报表已提醒纳税人要按法律法规的规定填写纳税申报表，而且要求申报表的每一项内存都是真实、可靠和完整的。因此纳税人一旦完成申报，则申报事项的正确与否，都由纳税人承担全部责任。如上面提到纳税人将购进固定资产的进项税额申报进行抵扣，而《增值税暂行条例》是不准抵扣的，可见这位纳税人的申报是不真实的，他必须对不如实申报造成的后果负责，而税务机关也要按有关法律法规的规定对其进行处罚。所以，纳税人在申报前，应对自己未知或不熟悉的事项向税务机关进行咨询，以确保申报的正确。如果因税务机关的规定、解答、指导不正确而使纳税人申报产生偏差，则为税务机关的责任。这种情况税务机关只能要求纳税人补缴税款，但不得加收滞纳金。

    同时，需要说明的是，由于税务机关各部门职责的分工，征收部门在受理纳税申报时仅就纳税申报表内各个指标间的逻辑关系以及申报表与附送资料之间数据的准确性进行审核；而稽查部门的职责是通过深入调查发现问题、堵塞漏洞。因此，征收部门受理纳税申报未能发现的问题而由稽查部门检查出来，并非税务机关内部执法不一，而是部门间的分工不同，不能理解为税务机关的责任。

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