一、开票方遗失发票

使用发票的单位或个人应按照《中华人民共和国发票管理办法》的规定妥善保管发票，不得遗失，一旦遗失，应报告主管税务机关，填写《遗失发票申明申请表》，经税务机关审核后，在省级以上报纸或电视台上公告声明作废。对因发票管理不善造成发票丢失的，主管税务机关应视其情节轻重和所造成的后果给予处罚。按《征管法》及《发票管理办法》的规定，对遗失发票可处以一万元以下的罚款，并可视具体情况，对丢失专用发票的纳税人，在一定期限内（最长不超过半年）停止领购专用发票。对纳税人申报遗失的专用发票，如发现非法代开、虚开的问题，该纳税人应承担偷税、骗税的连带责任。
地税务机关对丢失专用发票的纳税人按规定进行处罚的同时，代收取“挂失登报费”，并将丢失专用发票的纳税人名称、发票份数、字轨号码、盖章与否等情况，统一传（寄）中国税务报社刊登“遗失声明”。传（寄）中国税务报社的“遗失声明”，必须经县（市）国家税务机关审核盖章、签注意见。

二、收到发票遗失

根据《发票管理办法》第36条之规定，“违反发票管理法规的行为包括： 第三条未按照规定开具发票的；第五条未按照规定保管发票的；对有前款所列行为之一的单位和个人，由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处1万元以下的罚款。有前款所列两种或者两种以上行为的，可以分别处罚。”《发票管理办法实施细则》规定，丢失发票属于未按规定保管发票的行为。因此，贵司在增值税专用发票已经通过认证并已经抵扣进项税额后丢失发票联，属于未按规定保管发票的行为，对此税务机关可以处以1万元以下的罚款。此外，《发票管理办法实施细则》第41条，“使用发票的单位和个人应当妥善保管发票，不得丢失。发票丢失，应于丢失当日书面报告主管税务机关，并在报刊和电视等传播媒介上公告声明作废。”
根据《国家税务总局关于认真做好增值税专用发票发售、填开管理等有关问题的通知》（国税函[2003]785号）之规定，在未收回专用发票抵扣联及发票联，或虽已收回专用发票抵扣联及发票联但购货方已将专用发票抵扣联报送税务机关认证的情况下，销货方一律不得作废已开具的专用发票。
（一）开具发票一方遗失已填开的发票联，应重新开具发票交对方入帐。重新开具发票时，应在备注栏填写遗失发票的客户名称、发票种类代码和号码、金额，开票单位。开具发票方记帐时附上遗失发票的其他联次作为合法入帐凭证；遗失的发票只有发票联的，记帐时应附上取得发票方出具的书面证明，内容包括取得发票单位名称、购货或服务的单位数量、单价、规格、大小金额、发票种类代码和号码等作为合法入帐凭证。
（二）付款方遗失手写填开式发票报帐联时，可由开票方提供存根联复印件并注明“此件由我单位提供，与原件相符”，加盖公章后作为原始凭证。根据穗地税发[2000]444号文第三条规定：付款方遗失定额发票时，如收款方有汇款银行、邮局凭证等旁证资料，可由收方开具曾开具有关发票的证明（加盖公章）；如果收款方确实没有旁证资料，无法开具证明的，则由付款方当事人写出详细情况（包括开票单位情况，发票内容等），由本单位负责人审核批准，经主管地方税务机关同意后，才能代作原始凭证。
取得发票联的一方如丢失发票联，可向开具发票方申请出具该份发票存根联的复印件，加盖开票方的公章并注明“此复印件与原件相符”字样后入帐，一律不重复开具发票。
（三）若交购货方的专用发票的发票联及抵扣联在邮寄过程中遗失，有关发票也已抄报税，按照《国家税务总局关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知》（国税发[2002]10号）的规定，处理如下：开票方如实申报丢失增值税专用发票的销售额，并及时到所在地主管税务机关报告有关情况并开具《增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具增值税专用发票已抄税证明单》（以下简称《已抄税证明单》），再向购货方提供该发票的复印件及《已抄税证明单》（购方拿发票复印件到其主管税务机关进行认证，认证通过后，可凭该发票的复印件及销方所在地主管税务机关开具的《已抄税证明单》申报抵扣和入帐）。

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