所谓重点建设项目跟踪审计，就是对一个重点工程项目的全过程进行审计，即按照提前介入、全程把关、突出重点的审计思路，根据不同的建设时期，确定不同的审计工作重点，采取适当的审计方法，贯穿于可行性研究、立项、设计、施工、竣工决算等建设全过程。它改变了以往传统的审计方法，实行审计监督关口前移，变被动为主动，由事后审计转变为事前、事中和事后审计相结合。由于重点建设项目具有周期长、投资额大、控制环节多以及审计力量不足等特点，因此，在跟踪审计过程中，各个阶段的审计内容应有所侧重：
　　在建设项目前期准备阶段，主要审查建设项目的审批文件是否齐全，招、投标程序及其结果是否合法有效，与各建设项目相关单位签订的合同条款是否合规、公允，与招标文件和投标承诺是否一致；建设项目的资金来源是否落实到位、是否合理、是否专户存储；对使用国债的建设项目，严格规定其操作程序与使用范围；征地或拆迁补偿费是否符合有关规定，有无擅自扩大拆迁范围、提高或降低标准等问题，以促进依法建设，防止经济纠纷和舞弊行为。
　　在建设实施阶段，主要审查建设单位是否建立健全并执行了各项内控制度，如工程签证、验收制度，设备材料采购、价格控制、验收、领用、清点制度，费用支出报销制度等，督促、指导建立完善的内控制度，以保证项目建设规范运行，建设资金合法使用；审查工程变更、施工现场签证手续是否合理、合规、及时、完整、真实；审查工程成本核算及账务处理是否符合《国有建设单位会计制度》的要求，是否有利于建设项目的管理及竣工决算的需要；审查建设资金到位情况，是否与资金筹集计划或投资进度相衔接，有无大量资金闲置，或因资金不到位而造成停工待料等损失浪费现象；审查建设资金是否专款专用，是否按照工程进度付款，有无挤占、挪用建设项目资金等问题，对往来资金数额较大且长时间不结转的预付工程款、预付备料款要查明原因，防止出现超付工程款现象。
　　在竣工验收阶段，主要审查是否按分项验收、阶段验收和竣工验收进行，是否按预验收和验收的程序操作；验收的竣工报告、图纸是否齐全，是否及时办理了交接，竣工财务决算是否合规，对工程节超情况以及剩余资产是否妥善处理。审查是否有批准后的验收申请，验收中设计、建设、施工监理、地方质检部门、管理运行单位以及计划、审计、档案等专业人员是否齐全，验收中提出的问题是否按规定进行处理。

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