1.关税、进口环节税及其他税费征管。主要审计海关是否依法征收、及时足额缴纳税款；是否严格执行进口货物担保制度；是否严格依法办理缓税、退税；是否隐瞒、截留、挪用税收收入或罚没收入以及税收任务的完成情况等。

2.关税及进口环节税的减免。主要对各级海关执行国家的关税减免政策情况进行审计。重点审查海关批准的各类减免税，是否严格执行国家规定，有无违反规定、放宽条件、突击审批，以及擅自延长国家明令废止的关税优惠期限的问题。

3.保税货物监管。主要对海关办理各种到期加工贸易合同核销手续及监管保税仓库、保税货物情况等进行审计。重点审查各种加工贸易合同是否严格按政策制度规定及时办理核销手续；对实行进口许可证的货物有无无证放行的问题；保税仓库存放货物是否合规，有无将非保税货物存入保税仓库，或将保税仓库中的货物擅自转卖的问题。

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