审计机构组织实施经济责任审计的过程开始于经济责任审计委托的接受，终止于经济责任审计结果报告、审计意见书等审计文书的出具或送达。主要包括以下几个过程：
一、 编制经济责任审计工作方案　
审计机构在接受经济责任审计委托后，应当根据经济责任审计的具体要求编制审计工作方案，对审计的组织方式、分工、协作、汇总、处理等事项做出规定，提出要求。尤其应当注意将经济责任审计与财务收支审计、专项资金审计等相结合，利用审计机关、内部审计机构、社会审计组织的审计成果，以提高审计效率。　同时考虑是否利用社会审计的力量。
二、进行审前调查
审计组在编制审计实施方案前，应当进行审前调查，调查了解被审计单位和被审计领导干部的基本情况。审计机构一方面要对被审计领导干部所在单位及重要相关单位进行审前调查；另一方面要向纪检监察、组织部门等相关单位进行审前调查。这样，可以深入了解被审计领导干部所在单位和被审计领导干部的有关情况。
三、 编制经济责任审计实施方案　
审计机构应当根据委托部门的要求、审计工作方案的要求和审前调查的结果编制审计实施方案。审计机构编制的经济责任审计实施方案应当切实可行。　
四、送达审计通知书
审计机构应当根据审计工作计划，在审计实施前向被审计领导干部所在单位送达审计通知书，并将审计通知书抄送给被审计领导干部本人。　
五、 实施经济责任审计　
审计通知书送达被审计领导干部所在单位、被审计领导干部３日后，审计机构便可以具体实施经济责任审计。经济责任审计如果采取现场审计的方式进行，一般应召开审计进点会。审计进点会一般由组织、纪检监察、审计部门联合召开，由被审计领导干部所在单位的有关人员参加。
六、起草审计报告并征求被审计单位意见　
现场审计结束后，由审计组负责起草审计报告，审计报告应当征求被审计领导干部所在单位和被审计领导干部的意见。审计组应当充分考虑被审计领导干部所在单位和被审计领导干部的意见，修正审计报告。　
七、出具审计结果报告等法律文书　
审计机构根据经济责任审计的结果制作经济责任审计结果报告，报送负责人或权利机构，并抄送组织、纪检监察、人事等有关部门。同时向被审计单位出具审计报告，对被审计领导干部所在单位违反财经法纪的行为，依法进行处理、处罚，并出具审计决定书。经济责任审计结果报告也可以抄送给被审计的领导干部本人。

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