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粤海铁路私分国有资产案令人深思之处很多，其中之一就是粤海铁路项目先后接受过14次审计，只是第14次审计揭露出所存在的重大问题，人们不禁要问，以前13次审计为何未能发现或揭露此案！由于缺乏相应的具体资料，结论不得而知。但是，人们不能不对前13次的审计质量提出疑问。从审计理论研究的角度分析，影响审计质量的因素可以分为两方面：发现问题的概率和报告所发现问题的概率。总结审计署驻深圳特派员的做法，我们可以看到，由于特派办审计小组坚决执行"八不准"的纪律要求，确保审计的实质上的独立性，从而大大提高了报告所发现问题的可能性；另一方面，审计中将风险分析与内部控制评价有机结合，提高了发现问题的可能性，改善了审计质量与效率。
审计中注重对被审计单位内部控制进行分析与评价，是现代审计的重要标志。无论在发达国家和国际审计准则中，还是在我国颁布国家审计、注册会计师审计、内部审计准则中，均做出了相应的规定。然而，在审计实践中，存在着仅仅从改善审计效率的需要，进行内控评估，或者将内部控制评价研究与实质性测试相脱节的偏差。而在本案的审计项目中，深圳特派办的审计人员切实贯彻准则要求，将风险分析与内控评估有机结合，从而取得了丰硕的审计成果。例如，此项目审计跨期长、内容多，跨6个财务年度，涉及金额约21.63亿。如何把握审计的突破口？他们在分析中发现：粤海公司下属7个实体，人员均为粤海公司本部干部兼职。7个实体无一具备承揽工程建设或购买工程物资的资金和能力，而经营财务却无一不与粤海铁路建设项目相关。从内部控制角度讲，建设单位相对设计单位、监理单位、施工单位的独立性至关重要，而7个实体的设置及其业务活动方式，恰恰严重地削弱了建设单位在项目管理过程中的独立性，是该项目管理中一
