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1．选择项目。在确定审计项目时，首先考虑了它的重要性和实用性。在2002年3月深圳市第三届人民代表大会第三次会议上，代表们对某医院购置价值4000万元的核磁共振设备预算提出质疑，认为目前不必再添置此类设备，这项预算被暂缓安排。这引起了审计局的注意，于是审计局研究决定2002年对市卫生系统医疗设备采购及大型医疗设备使用和管理情况进行绩效审计。审计人员在收集该项审计的背景资料后，经与主管部门商讨，建立了该项绩效审计的考核指标，并编制了取证表格，在此基础上，制定了审计方案。
2．实施审计。2002年8月至11月，审计人员对深圳市人民医院等12家市属医院及卫生局的有关事项进行了深入调查。审计组先选点进行制度测试，试用考核指标。根据实际发现的问题，适当修正审计目标和评价标准，调整审计方案，进一步明确审计内容和工作步骤。
对审计中确定的重点设备和部门，加强现场观测和实地调查，同时注意与被审计单位的沟通，以各种方式征询他们的意见。现场工作完成后，对审计取得的数据和资料进行汇总、综合和分析，从中找出影响财政资金使用绩效的问题和制度执行上的薄弱环节。经与被审计单位和有关专家交换意见，初步形成审计结果
