会计集中核算，是财政改革的一项重大举措，从理论到实践尚存在许多亟待认真研究的问题。
　　
　　一、正确处理单位财务管理与会计核算的关系
　　
　　实行会计集中核算后，会计核算和监督的职能从原单位分离出来交由会计核算中心异地统一行使，各单位专设报
　　账会计，报账单位的经费拨入、付出、往来、转付，汇兑等资金结算业务，由报账会计到会计核算中心办理。因此容易造成财务管理与会计核算、监督的脱节。为防止两者脱节，在目前会计核算中心职能未做大的情况下，要求单位报账会计在单位负责人领导下，除做好本单位的报账工作外，还要继续搞好经费预算管理、固定资产管理，做好财务收支活动的分析，总结；根据会计信息为领导提供决策依据等财务管理工作。同时，会计核算中心要注重同各单位的联系，加强对账与盘点工作，切实做到账账相符、账实相符。并且随着部门预算、国库集中支付等项财政改革政策的出台，各单位财务管理工作更需进一步加强。从这种意义上讲，实施会计集中核算后，各单位财务人员肩上的担子不是轻了而是更重了。有些部门和人员误认为会计集中核算后，单位财务工作全部交到核算中心了，财务人员没有用武之地了，这种认识是不正确的。否则，将导致各单位财务人员锐减、财务职能弱化的现象。如不及时加以纠正，将不利于单位加强经费管理，不利于各部门工作的正常开展，不利于保证国有资产的安全完整。
　　
　　二、正确处理监督和服务的关系
　　
　　实行会计集中核算后，会计核算中心可以通过对各单位全部经济活动中每笔具体会计收支事项进行核报，实现对单位开支标准、部门预算、收支两条线等多种财政政策执行情况的监督，从而达到对单位财务管理全过程的监控。
　　会计集中核算使会计监督的职能在深度和广度上发展到一个新的水平，有利于从源头上遏制财政资金被挤占、挪用、截留、浪费等违纪违法现象的发生，但会计核算中心的根本宗旨是为各单位提供优质高效的服务：一是在实际工作中要始终坚持全心全意为各单位服务，寓监督于服务之中，在服务上狠下功夫。二是要努力提高核算中心工作人员的业务素质。三是要保证资金运行安全完整。四是要采取“走出去、请进来”的方法，广泛认真听取各单位领导及报账会计对核算中心工作的意见和建议，不断改进工作，进一步提高工作水平和质量。
　　
　　三、正确处理现行开支标准与实际支出的关系
　　
　　在会计集中核算实践中，比较突出的矛盾之一是现行各单位开支标准与具体繁杂的实际支出有较大差距，如何把握好既坚持规章制度，以达到节约经费，提高资金使用效益的目的，又实事求是地处理好实际开支的报销问题，以保证各单位正常业务活动的开展，这是对中心工作人员业务素质和职业判断能力的严峻考验。一方面，作为实践产物的制度和标准总是滞后于实践本身的发展，如果对超出标准的开支一律不予报销，则有可能影响各单位任务的完成和事业的发展；另一方面，没有规矩不成方圆，统一财务制度开支标准是行政事业财务工作中正确处理事、人、钱、物四者之间关系的主要依据和标准。如果对超出规定的开支只要单位审核后就一律报销，这不仅违背了财务制度，放弃了会计监督，而且还可能助长不正之风和腐败现象。因此，处理好执行制度与实际支出的关系尤为重要。
　　
　　四、正确处理会计集中核算现行模式与改革的关系
　　
　　为适应会计核算职能的需要，现行会计集中核算的模式和方法急需改革。首先，应开设核算中心总账户及各单位的零余额账户，以适应国库集中收付的需要，实现财政资金的统一调度和管理之目的。其次，要逐步实现具体日常会计核算向财政监督、财政宏观调控转轨。会计核算中心目前行使日常会计核算和监督的职能，会计核算中心依法对各单位的负责人负责，承担着账务处理、会计档案的保管、向社会和管理部门提供会计信息的任务。从实际运行情况看，会计核算中心整天忙碌在报账记账的具体事务中，监督管理的职能尚未得到充分发挥，背离了当初成立核算中心的初衷；单位会计档案的大量集中存放，带来了大量的管理问题，既不利于审计部门审计，也不利于调动单位筹集资金的积极性。为尽快摆脱这种被动局面，会计核算中心应由办理具体日常会计核算业务向会计核算和监督转轨。即各单位将每笔经济业务的原始单据拿到会计核算中心审核，核算中心认为开支合理合法，即加盖审核专用印章，并从统一账户办理支付手续，单据由单位拿回记账。对单位会计核算业务的监管，核算中心可凭借先进的计算机网络系统随时了解各单位账务处理的合规性。再次，是建立更加完善的核算中心网络系统。这个系统除了满足各单位的日常会计核算、财务管理需要外，同时可满足会计核算中心的远程预算指标控制、远程查账、国库集中收付的需要。
　　实行会计集中核算，突破了会计管理体制旧的模式，实现了会计秩序的规范化、科学化，使会计核算的职能发生了根本性的变革，使会计监督的职能在深度和广度上发展到一个新的水平，使会计信息质量得到了保障。