由于金税工程稽核系统发票存根联数据与认证系统发票抵扣联之间的比对，不能够完全一一对应，在稽核系统中长期滞留着大量得不到认证系统抵扣联数据比对的存根联数据，这样就形成了存根联滞留发票。通俗些说，存根联滞留发票就是指金税工程系统中缺少抵扣联的专用发票。  

    存根联滞留发票形成的原因是多方面的。一是按照政策规定不允许抵扣进项税额。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定，纳税人取得的六种情况下的购进货物的进项税不允许抵扣，如最常见的购进固定资产不允许抵扣进项税额，没有通过认证系统认证，形成了滞留票。二是发生退货或销售折让销货方开具红字专用发票。购货方将抵扣联、存根联退还给销货方，而销货方已将记帐联作帐务处理，同时开具了相同内容的红字专用发票。在这种情形下，销货方已报税，抵扣联已退回销货方，也形成滞留票。三是纳税人主动不抵扣进项发票，形成滞留票。调查发现，部分企业为了少缴税，经常采取销售商品不记账的方式隐匿销售收入，而如果将进项税额全部抵扣，会出现零负低申报，就可能被各级税源管理部门列为重点评估对象；还有，如果将购进货物全部入帐，而销售不记账，帐面上存货等科目余额将非常大，必然为税务人员留下查账的线索。因此，企业采取“体外循环”，也就是帐外经营，将销售时不需开具增值税专用发票的购销业务，均不进行核算或另设一套帐核算，主动放弃一部分进项税抵扣权达到偷税的目的。除以上三个方面的主要原因外，还有由于某些客观因素造成抵扣联超过90日认证期限未认证，纳税人在已取消一般纳税人资格或停止抵扣进项税额期间取得专用发票等情况，也会形成滞留票。  


    但事实上，大部分稽核系统滞留的发票存根联数据是有问题的，相当多存根联滞留发票的背后都与账外经营有关。根据导致存根联发票滞留的原因是否与账外经营有关，我们将存根联滞留票分为正常滞留和非正常滞留两类。政策规定不允许抵扣的抵扣联对应的滞留存根联，以及红字发票对应的滞留存根联，为正常滞留票。纳税人主动放弃抵扣联认证进行账外经营形成的滞留存根联，为非正常滞留票。在目前防伪税控系统覆盖所有增值税一般纳税人，稽核、协查系统高效运行的情况下，与通过“假票抵扣”、“真票虚开”多抵扣税款的偷税手段相比，主动放弃进项发票抵扣权的新的偷税方式，更具有隐蔽性，更容易造成税款流失。

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