谈到新企业所得税法实施后的影响，浙江兴合会计师事务所董事长何建军给出的则是一种提醒。他说，“两法”合并是众多国民长久的期待，如今顺利完成值得庆贺，对于提高民族企业的自主创新能力，引导外资的投资方向无疑将起到深远影响。但同时各界还应关注，要警惕一些地方政府变相给外资企业新的优惠。
据分析，十几年来，出于引进外资的需要，外资企业在我国享受了巨大的税收优惠支持，无论是实际税率、税前扣除标准和范围、直接减免税、再投资退税等方面，都获得了远远优惠于内资企业的待遇。甚至在中国境内的外商投资企业、外国企业和其他外籍人员的工资、薪金所得，个人所得税也享受减半征收。统一整合了诸多针对企业性质的税收优惠后，新企业所得税法的实施无疑会对一些外资企业产生消极影响，降低它们的盈利空间。出于惯性或资本的特性，新企业所得税法实施后，一些非高新技术领域的外资企业可能会将压力转移到地方政府身上，以获得地方政府更多的优惠政策，继续与内资企业在税负方面“保持距离”，在竞争中占据更加有利的位置。一些地方政府为了留住外资，很有可能擅自给外资企业更多隐性的优惠政策，从而使“内外有别”的状况继续存在，削弱新企业所得税法的效力。
因此，应警惕地方政府变相给外资新的优惠，确保“两法”合并真正完成，内外资企业有公平竞争的舞台。
